中医药系是江西省医药学校、江西省医药技师学院的一个重要的教学单位，伴随着学校38年的建设与发展历程，不断发展壮大，现有普通全日制在校生2100余人。中医药系注重专业建设，重点发挥中国传统文化特色，开设专业有中药、中药（预备技师）、中医康复技术、康复保健四个专业，其中中药专业为国家级示范校重点专业、国家级高技能人才培训基地重点专业及省级精品专业，中医康复技术、康复保健是校企深度合作专业。同时，以产教融合为平台，通过建昌帮传人收徒，挖掘整理传承江西省非遗建昌帮文化和技艺，并与国内知名企业校企合作，探索并实践五结合现代学徒制人才培养，坚持立德树人，培养德智体美劳全面发展的高素质技能型人才。

中医药系打造了一支国家级职业教育教师教学创新团队和一支江西省职业教育教师教学创新团队，取得了丰硕的教学教研成果。成立了国家级吴剑技能大师工作室、江西省教育系统罗玲英名师工作室。荣获国家教学成果一等奖1项，成立了国家级、省级吴剑中药炮制技能大师工作室，江西省教育系统罗玲英名师工作室，打造了一支国家级教学名师团队。团队拥有国家级技能大师1名、江西省黄炎培优秀教师1名、江西省能工巧匠2名、江西省出彩教师3名、江西省首席技师3名、江西省技术技能名师培育对象5名。团队教师主持完成国家级课题3项，主持省级重点课题等5项；主持食品药品行指委职业技能标准制定3项，参与制定教育部专业教学标准制定2项；主持国家级教学资源库 3项，世界银行贷款云南职业教育发展项目《中药炮制技术》教学资源库共建共享项目1个，主编“十四五”等国家规划教材11本。教师获国家级教学能力大赛等赛项一等奖1个，三等奖4个，省级教学类大赛一等奖5个，获全国职业院校中等职业学校、省级班主任能力比赛三等奖1项、一等奖1项，教师获国家级优秀指导教师13人次。学生竞赛成绩斐然，先后参加全国技能竞赛获一等奖10个，二等奖12个， 获“挑战杯-彩虹人生”全国职业学校创新创效创业大赛三等奖2个。

中医药系累计为企事业单位培养了近万名服务于生产、经营、管理一线的中医药类高素质技术技能人才。培养的学生理论功底扎实，动手能力强，深受用人单位的欢迎。学生毕业就业环境好，薪资待遇高，历年就业率均保持在99%以上，学生就业满意度均保持在95%以上。