制药工程系是我校重点建设的系部之一，开设了制药技术应用、中药制药、制药设备维修及医疗器械维修与营销等四个专业。其中制药技术应用专业（原制药技术专业）为国家中等示范校建设重点支持、首批现代学徒制试点、教育部1+X药物制剂职业技能等级证书试点专业。

系部以产业发展为需求，积极围绕医药智能制造发展趋势来构建专业群，通过多种形式的校企合作，探索出“四双六共同”产教融合人才式培养模式。系部拥有一支素质好，教学水平较高的师资队伍，专业教师均具备"双师"素质，同时还聘有企业的工程技术人员来系部件教，始终体现职业性，注重实践性、突出适应性。师资结构合理，现有教职工35人，其中企业教师10人，执业药师7人，专业高级讲师5人，讲师10人，先后多次获得江西省教师职业能力大赛一二等奖、指导学生参加全国行指委技能竞赛分获二三等奖。同时拥有实验实训室25个，其中符合GMP标准的生产车间实训基地1个，中药制药实训基地1个，高技能药物制剂实训室1个、现代化医疗器械（医电类）专业实训室5个，为学生提供优质的实验实训条件，确保学生操作训练的教学需求。与省内外20余家药品生产企业合作建立校外实习基地，实施"校企合作，工学结合"的培养模式，实现了学生"学中练，练中学"。

本系现有在校生1000余名，毕业生具较高的综合素质和较强的专业技能，深受用人单位的称赞，毕业生一次性就业率达99%以上。