医药经贸系为我校重点建设的系部之一，是我校学生人数最多的系部。系部以产业需求为导向，深化产教融合，建设有江西省特色专业群2个--医药经贸专业群和健康服务特色专业群，开设有药剂、药品服务与管理、药品营销、健康服务与管理专业，其中药剂专业是国家中等示范校建设重点支持专业、教育部“1+X”药品购销职业技能等级证书试点专业、江西省中等职业学校特色专业群龙头专业，药品营销专业是国家级高技能人才培训基地建设项目重点建设专业，技工院校职业技能等级认定药品购销员试点专业，健康服务与管理专业是教育部“1+X”体重管理职业技能等级证书试点专业、江西省健康特色专业群专业。

系部实训设备齐全，设施先进，实训室管理规范科学，实训能力居全省医药类职业院校领先地位。现建有药品推介一体化实训室、营运管理一体化实训室、市场营销实训室、电子商务实训室、生命科学馆、基础护理实训室、健康评估实训室等二十多间，分为药学服务类实训室、药品营销类实训室、医药物流类实训室、健康服务类实训室4大类，凸显专业特色。

系部重视师资队伍建设，多措并举，推进“四计划、四平台”，着力加强师资队伍建设，使师资队伍建设能满足新形势、新任务下对职业院校教师素质的要求，同时积极从高等院校、企业引进高级医药技术人才，形成了一支专业结构较为合理、发展梯次较为齐全的高素质专业化创新型教师队伍，为高技能人才培养提供了人才保障。系部现有省级技术技能名师3名、省级首批“登峰计划”名师1名、省级首席技师1名、国家级医药行业技能竞赛裁判5名、1+X药品购销和体重管理职业技能等级证书考评员12名及省课程思政示范课程、教学名师和团队1个。

系部积极探索校企合作新模式，打造校企命运共同体。系部与江西长天集团有限公司、江西昌盛大药房连锁有限公司、江西汇仁堂药品连锁有限公司、江西洪兴大药房连锁有限公司、江西康每乐药业有限公司、江西仁翔药业有限公司、江西九州通药业有限公司、江西开心人大药房连锁有限公司、山东益仁堂药业有限公司、浙江康盛堂大药房医药连锁有限公司、辉瑞制药有限公司等十多家省内外知名企业企业建设了校企合作关系，开设校企合作冠名班20余个，成立了专业建设指导委员会、校企合作专业专家团队，做到“企业文化进校园、企业标准进课程、企业制度进课堂”，形成“人才共有、过程共管、成果共享、责任共担”的校企合作办学制度。以多维融合项目为载体，推进校企深度融合。与江西汇仁堂药品连锁有限公司合作开展的汇仁堂校中店、与辉瑞制药有限公司开展的辉瑞梦工厂项目、与浙江康盛堂大药房医药连锁有限公司开展的网络课堂教学项目、与江西洪兴大药房连锁有限公司共建电子商务运营中心、与江西昌盛大药房连锁有限公司共建大综合实训室、与江西昌盛大药房、浙江康盛堂大药房、辉瑞制药共同开展《区域性连锁药店运营模式研究与实践》课题研究。